Her muayenede olduğu gibi Kalın Bağırsak Kanseri Tarama Programının da avantajlarının yanı sıra dezavantajları vardır.  Avantajları dezavantajlarının çok ötesindedir, fakat yine de katılıp katılmamaya karar verebilmeniz için bunların hepsini bilmeniz önem taşır.